En el diagnóstico diferencial se pueden incluir otros procesos pero por razón de edad, estado productivo y tipo de alimentación, los más probables son los que se incluyen a continuación:

1-Cenurosis. La cenurosis (Coenuro cerebrales), en fase aguda, es difícil de diferenciar por el cuadro clínico, pero no tiene una evolución tan rápida. En la forma crónica, varias semanas después de la infestación, cursa con depresión, ceguera, marcha tambaleante, etc.

2-Enterotoxemia. La enterotoxemia puede dar lugar a cuadros muy variados. Cuando aparece el cuadro nervioso, que se corresponde con un edema cerebral, los signos clínicos pueden ser muy similares a los descritos en este caso.

3-Necrosis de la Corteza Cerebral. Los datos clínicos y los precedentes en el manejo de la explotación juegan a favor de este proceso, pero no es posible con los datos disponibles hacer un diagnóstico definitivo.