MyGEO 2: Formación digital en competencias geoespaciales

Para poder hacer cualquier tipo de procesado, debes convertir las columnas a valores numéricos.

La conversion puede poner NaN a todos los valores no numéricos para que el paso anterior no sea necesario.

Input [22]:

data = data[data.columns].apply(pd.to_numeric, errors='coerce')
data.info()

Output [22]:

<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
Index: 537 entries, European Union to Bosnia and Herzegovina
Data columns (total 29 columns):
1991    232 non-null float64
1992    258 non-null float64
1993    232 non-null float64
1994    258 non-null float64
1995    361 non-null float64
1996    382 non-null float64
1997    355 non-null float64
1998    354 non-null float64
1999    384 non-null float64
2000    354 non-null float64
2001    396 non-null float64
2002    364 non-null float64
2003    402 non-null float64
2004    311 non-null float64
2005    151 non-null float64
2006    61 non-null float64
2007    328 non-null float64
2008    352 non-null float64
2009    347 non-null float64
2010    357 non-null float64
2011    352 non-null float64
2012    354 non-null float64
2013    355 non-null float64
2014    347 non-null float64
2015    355 non-null float64
2016    356 non-null float64
2017    361 non-null float64
2018    361 non-null float64
2019    20 non-null float64
dtypes: float64(29)
memory usage: 125.9+ KB

Input [23]:

data.describe(include = 'all')

Output [23]:

Después de analizar los datos vemos que la columna NUTS tiene los nombres de los NUTS pero no los códigos.

El siguiente paso es estandarizar los contenidos de esa columna reemplazando las etiquetas con los códigos.

Para este propósito, tenemos un archivo que contiene las etiquetas.

Input [24]:

file = 'datos/nuts.xlsx'
nuts = pd.read_excel(file, index_col=0)
nuts.head(5)

Output [24]:

Ya que la información se organiza de manera similar, podemos cambiar un índice por otro.

Input [25]:

data.index = nuts.index
data.head(5)

Output [25]:

Dependiendo del problema puedes saber que los valores de las celdas deben estar entre un determinado rango. Por tanto, cualquier valor fuera de este rango no es válido y tiene que ser ajustado (min, max o NaN).

En el ejemplo discutido, los valores pueden ser solo positivos. Sin embargo, hay algunos valores negativos en la tabla.

·        dataframe.lt() muestral el número de valores más bajos que los indicados

Input [26]:

data.lt(0).sum()

Output [26]:

1991    3
1992    3
1993    3
1994    3
1995    0
1996    0
1997    0
1998    0
1999    0
2000    0
2001    0
2002    0
2003    0
2004    0
2005    0
2006    0
2007    0
2008    0
2009    0
2010    0
2011    0
2012    0
2013    0
2014    0
2015    0
2016    0
2017    0
2018    0
2019    0
dtype: int64

Estos valores se pueden poner como 0 o cambiarlos a NaN

Input [27]:

data[data < 0] = np.nan

Podemos ver cuantos de los 537 valores no numéricos tiene cada columna.

Dependiendo del problema a resolver puede ser necesario eliminar filas o columnas con NaN para tener datos completos.

·        dataframe.isna() muestral los valores nulos del conjunto de datos

Input [28]:

data.isna().sum()

Output [28]:

1991    308
1992    282
1993    308
1994    282
1995    176
1996    155
1997    182
1998    183
1999    153
2000    183
2001    141
2002    173
2003    135
2004    226
2005    386
2006    476
2007    209
2008    185
2009    190
2010    180
2011    185
2012    183
2013    182
2014    190
2015    182
2016    181
2017    176
2018    176
2019    517
dtype: int64

En caso de que necesitemos limpiar más datos y eliminar columnas que contengan algunos datos nulos, en este caso tendríamos que eliminar 2019, ya que los datos no están terminados. Así, tenemos que eliminar las columnas que no nos son útiles.

·        dataframe.dropna() te permite eliminar columnas con datos nulos.

Input [29]:

data2 = data.dropna()
data2.describe()

Output [29]:

Se puede ver que en la colección de datos, hay columnas no completas.

Si los análisis a realizar no permiten hacer nulos los datos o eliminarlos ya que muchas filas se eliminarían, una alternativa es interpolar los valores.

Input [30]:

data = data.interpolate(axis=1, limit_direction='both')
data.head()

Output [30]:

La interpolación es imprecise con columnas con pocos datos, ya que apenas hay datos e información para deducir los valores que faltan. Un ejemplo es la primera fila de la tabla, donde solo hay 1 dato para la Unión Europea, por lo que la interpolación rellena todas las casillas con ese valor.

Otro problema son las filas completamente vacías. Aquí la interpolación no puede hacer nada. Una solución si necesitan tener valores es poner todas esas filas con valores 0.

                             dataframe.fillna() te permite cambiar un valor NaN a otro valor

PARA APRENDER MÁS….

The formats supported in the Pandas library and how to write in them is described in: https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/io.html

 Cada operación de grabación en diferente formato necesita ajustar diferentes parametros.

Pandas nos permite guardar los datros en formato Excel con dataframe.to_excel().

Los parametros más relevantes son:

·          io = The file location

·          sheet_name = The sheet to be written

·          index = If an index column should be put in the file

Input [32]:

data.to_excel('datos/animalEurostatNuts2_DataSheet_corrected.xlsx', sheet_name='Data')

El archivo usado como ejemplo contiene múltiples hojas que pueden ser procesadas de la misma manera ya que tienen la misma estructura.

Para automatizar el proceso, puedes leer todas las hojas y aplicar el proceso a cada una de ellas y guardar el resultado en un ahoja diferente del archivo de salida.

Primero, tenemos que definir una función que, dado un marco de datos, aplica el proceso de limpieza de datos entero.

Después, la función llama al proceso para cada hoja

Input [33]:

import pandas as pd
import numpy as np

nuts = pd.read_excel('datos/nuts.xlsx', index_col=0)

#function for Data cleaning
def cleanData(data):
    #we eliminate leftover columns
    indices = [i for i, s in enumerate(data.columns) if 'Flags' in s]
    colToDelete=data.columns[np.array(indices)]
    data = data.drop(columns=colToDelete)
    #we change the header and first column
    data.index = nuts.index
    #we change data type and remove no numbers
    data = data[data.columns].apply(pd.to_numeric, errors='coerce')
    #we eliminate duplicate rows
    data = data.loc[~data.index.duplicated(keep='first')]
    #we delete negative values
    data[data < 0] = np.nan
    #we interpolate null values
    data = data.interpolate(axis=1, limit_direction='both')
    #we add zeros to the empty rows
    data = data.fillna(0)
    return data

Input [34]:

reader = pd.ExcelFile('datos/animalEurostatNuts2.xlsx')
writer = pd.ExcelWriter('datos/animalEurostatNuts2_corrected.xlsx')
for sheet in reader.sheet_names:
    data = pd.read_excel(reader, sheet_name=sheet, skiprows=9, skipfooter=13, index_col=0)
    data = cleanData(data)
    data.to_excel(writer, sheet_name=sheet)
writer.save()
print('Done')

Output [34]:

Done